代行の流れ
営業の種類の決定
輸入食品等輸入販売業、届出代行業、インターネット購入代行業、保管業のいずれに該当するかを確定します（輸入食品安全管理特別法第14条第1項）。
衛生教育の履修
営業をしようとする者は、あらかじめ輸入食品等の衛生管理等に関する教育を受けなければなりません（法第17条第2項）。
営業登録
施設を備えたうえで様式第17号の営業登録申請書を地方食品医薬品安全庁長に提出します。処理期間は3日、手数料は28,000ウォンです。
事前検討
成分配合比率、製造方法説明書、健康機能食品の基準および規格への適合性、ハングル表示事項を通関前に検討し、不適合による返送リスクを減らします。
輸入届出
様式第25号の輸入届出書を通関場所を管轄する地方食品医薬品安全庁長に提出します。到着予定日の5日前から事前届出が可能です（施行規則第27条第1項）。
検査
別表9の検査方法により、書類検査・現場検査・精密検査・無作為標本検査のうち該当する検査を受けます。
輸入届出確認証の発給・通関
適合と判定されると様式第28号の輸入食品等の輸入届出確認証が発給され、関税納付後に国内流通が可能になります。
よくある質問（FAQ）
Q. 健康機能食品の輸入は届出ですか、登録ですか。
A. 二段階に分かれます。事業者として輸入営業を行うには「輸入食品安全管理特別法」第15条第1項により食品医薬品安全処長への営業登録が必要で（実務上は地方食品医薬品安全庁長に申請）、実際に物品を輸入する際には品目ごとに同法第20条第1項による輸入届出を行います。営業段階は登録、物品段階は届出です。
Q. 営業登録はどこに行いますか。
A. 営業所を管轄する地方食品医薬品安全庁長に様式第17号の営業登録申請書を提出します（施行規則第16条第1項）。市・郡・区役所の衛生課ではなく地方食品医薬品安全庁が登録官庁です。地方食品医薬品安全庁長は申請書類を検討のうえ様式第18号の営業登録証を発給し、輸入食品等保管業の場合は登録前に営業所の施設を確認します。
Q. 営業登録の処理期間と手数料は。
A. 処理期間は3日です（施行規則様式第17号）。手数料は登録申請28,000ウォン、営業所所在地の変更登録26,500ウォン、その他の登録事項の変更9,300ウォン（営業者の氏名変更は免除）、登録証の再発給5,300ウォン、営業者の地位承継届出9,300ウォンです（施行規則別表15第3号）。
Q. 輸入届出はいつ行いますか。
A. 様式第25号の輸入届出書を通関場所を管轄する地方食品医薬品安全庁長に提出し、輸入食品等の到着予定日の5日前から事前に届け出ることができます。あらかじめ届け出た到着港、到着予定日、搬入場所、搬入予定日などの主要事項が変更された場合は、直ちにその内容を文書で届け出なければなりません（施行規則第27条第1項）。
Q. 輸入届出の処理期間はどのくらいですか。
A. 検査の種類により異なります。食品等・健康機能食品を基準に、書類検査2日、現場検査3日、無作為標本検査5日、精密検査10日で、真菌数試験の対象は10日、食品照射処理食品は14日、加温保存試験の対象は15日です（施行規則様式第25号）。書類の補完や試料採取の日程が加わると、実際の所要期間は延びることがあります。
Q. 検査にはどのような種類がありますか。
A. 「輸入食品安全管理特別法施行規則」別表9は四つに区分します。①書類検査 — 届出書類等を検討して適否を判断、②現場検査 — 製品の性状・味・におい・色・表示・包装状態および精密検査の履歴等を総合して判断、③精密検査 — 物理的・化学的または微生物学的方法により実施、④無作為標本検査 — 食品医薬品安全処長の標本抽出計画により実施する検査です。